El 5 de julio de 2001 se publicó en el Diario Oficial de la Federación el Decreto de Creación de la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (Cofepris), como órgano administrativo desconcentrado de la Secretaría de Salud, pero que a pesar de la regulación genera vacíos en la aplicación de las normas para la protección de la población.

Con autonomía técnica, administrativa y operativa, responsable del ejercicio de las atribuciones en materia de regulación, control y fomento sanitarios, es el organismo rector en materia de regulación sanitaria que verifica la actividad de muchas industrias del país, así como productos y establecimientos con un valor económico equivalente a casi el 10.0 % del PIB; además de laboratorios farmacéuticos, playas, restaurantes y rastros, supermercados y farmacias, actividades en las que dice participan diariamente 2 mil 500 verificadores.

También regula los sectores productivos de alimentos (procesados), bebidas y tabaco; perfumería y belleza. Tiene a su cargo la regulación y fomento sanitario de la producción, comercialización, importación, exportación, publicidad o exposición involuntaria de medicamentos, aparatos y dispositivos médicos, sangre, hemoderivados, trasplante de órganos. Asimismo, de sustancias tóxicas peligrosas: plaguicidas (tóxicos) y fertilizantes (químicos), precursores químicos y químicos esenciales. Exposición laboral a sustancias químicas. Saneamiento básico: agua, residuos, rastros y emergencias sanitarias. Dice regular y prevenir los riesgos derivados de factores ambientales (contaminación de agua, aire, suelo y alimentos).

Por designación presidencial, sus titulares han sido: Ernesto Enríquez Rubio (2002–2006), abogado. Juan Antonio García Villa (2006–2008), economista y abogado. Miguel Ángel Toscano Velasco (2008–2011), economista. Mikel Andoni Arriola Peñalosa (2011–2016), abogado. Julio Salvador Sánchez y Tépoz (2016–2018), abogado. José Alonso Novelo Baeza (2018–2021), médico cirujano, pediatra. Alejandro Svarch Pérez (2021–2024), médico internista. Armida Zúñiga........

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