La directive européenne sur la surveillance des sols, adoptée par l’Union européenne fin 2025, ambitionne de parvenir à des sols en bonne santé d’ici à 2050. Ces derniers se situent, en effet, au carrefour de multiples enjeux : climat, biodiversité, alimentation, etc. Oui, mais avec quels outils de mesure ? Le texte décidé à Bruxelles n’impose, pour l’heure, que l’approche fondée sur l’ADN environnemental. La France dispose pourtant d’une forte expérience de mesure de la qualité des sols, qui pourrait être avantageusement mise à profit : les meilleurs outils de suivi sont ceux qui intègrent de façon simultanée plusieurs approches complémentaires.

Depuis novembre 2025, la Directive européenne sur la surveillance et la résilience des sols impose aux États membres d’évaluer régulièrement la biodiversité des sols. Pour la partie biologique, la directive prévoit le suivi, tous les six ans, de la diversité microbienne des sols (bactéries et champignons) à partir de l’ADN environnemental (ADNe).

Or, si l’ADNe constitue un outil puissant pour détecter la biodiversité à grande échelle, il est insuffisant, à lui seul, pour interpréter les changements observés et en identifier les causes. En effet, les communautés bactériennes et fongiques ne représentent qu’une partie de la biodiversité des sols, qui inclut également de nombreux organismes aux rôles écologiques cruciaux et variés.

Le fonctionnement des sols repose également sur l’abondance, la biomasse et l’activité des organismes vivants, dimensions qui ne peuvent être évaluées par la seule détection moléculaire. Une approche graduée combinant plusieurs protocoles complémentaires est donc nécessaire pour produire des indicateurs robustes et utiles pour l’action publique.

L’expérience française, notamment à travers le réseau de mesure de la qualité des sols (RMQS) et le GIS Sol, constitue, à ce titre, un référentiel d’interprétation des résultats et un cadre opérationnel déjà éprouvé pour la surveillance de la biodiversité des sols. Celui-ci pourrait avantageusement compléter le socle prévu par la législation européenne.

L’ADN environnemental, nécessaire mais pas suffisant

L’ADNe est une approche moléculaire et, à ce titre, présente des avantages en matière de surveillance environnementale : détection large – et a priori standardisée – de la biodiversité, forte comparabilité spatiale et temporelle… De telles méthodes constituent un outil particulièrement efficace pour détecter des changements dans la composition des communautés biologiques.

Cependant, les signatures moléculaires issues de l’ADNe ne permettent pas toujours d’identifier correctement les taxons présents dans les sols. Elles peuvent présenter des biais de représentativité. Elles sont, de plus, souvent peu corrélées à d’autres caractéristiques biologiques essentielles pour caractériser la biodiversité et le fonctionnement des sols, telles que l’abondance des organismes, leur biomasse, leur structure démographique ou encore leurs activités. Elles offriront donc une vision incomplète – voire parfois déformée – de la santé des sols.

Or, au-delà de la simple........

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